Se non avviene l'upload il problema sta nel file di upload che non funziona, potresti provare a usare la onError di uploadify e vedere cosa ti restituisce, ma non ho mai trovato molto utili i messaggi di errore di uploadify. Quindi ti consiglio di provare lo script di upload (upload.php) a parte per vedere se funziona.

Crea una pagina html contenente solo il form con l'input type file e il submit.
Imposta la action di tale form su 'upload.php' e l'enctype enctype="multipart/form-data" e vedi se l'upload avviene correttamente.