non conosco bene la libreria JS che stai usando, ma mi pare di aver visto che c'è un ".php" che viene richiamato e che forse imposti nelle configurazioni... potresti modificarlo in modo da aggiungere un "include" in testa.

Se invece hai la possibilità di configurare questa libreria in modo da richiamare una funzione aggiuntiva in caso di successo O COMUNQUE MODIFICANDO IL LINK COME java-script:$('#file_upload').uploadifyUpload();tuafunz ione(); puoi scrivere una funzioncina JS che con una chiamata AJAX si colleghi al tuo ".php" per la mail