Era meglio proporre la domanda nella sezione Windows

Comunque non è possibile, ma puoi aggirare il problema creando un file tipo Allinea.js e all'interno mettere il comando:

codice:
(new ActiveXObject("Shell.Application")).TileHorizontally()
Fatto questo basta richiamare il JScrpit appena creato nel file .bat semplicmente facendo

codice:
C:\PERCORSO_JS\Allinea.js
Et voilà!