Anch'io ho questo problema.
stavo pensando ad una soluzione del genere.

Preventivamente creare una Vector di interi dove calcolare e salvare la riga (o le righe) che devono essere colorate.
passare la Vector al costruttore della CustomTableCellRenderer e poi confrontare la riga nella getTableCellRendererComponent con la riga che hai salvato nel Vector (se hai più righe nel Vector cicli con un for).

Per adesso non mi viene altro.
Ancora non ho provato questa soluzione, poi la applicherò al mio progetto.

Fammi sapere, Ciao