intanto devi poter "registrare" gli utenti, ovviamente (altrimenti non sai chi sta visionando la pagina)... supponendo che $user contenga tale identificativo puoi fare una tabella <id, user, file, flag> che memorizzi in ogni record
- un id autoincrementante
- l'utente
- il file
- un flag di segnalazione (es.: 0 non letto, >0 numero di volte letto)

quando "legge" un file:
INSERT INTO tabella(user, file, flag) VALUES('$user', '$file', 1)

o UPDATE incrementando di 1 l'ultimo campo se vuoi tenere traccia anche del numero di volte che si è letto un file

per verificare:
SELECT * FROM tabella WHERE user='$user' AND file='$file'