Ciao, per il primo problema puoi risolvere con un semplice utilizzo dell'attributo target="_blank" del tag href.
Quindi nel tuo caso sarà
Codice PHP:
echo "<a href:'".$cartella.$row['nomepolizza']."' target='_blank'>Visualizza ".cartella.$row['nomepolizza']."</a>
"; 
Per il secondo problema devi utilizzare l'URL rewriting.