Premetto che anni di lavoro dovrebbero stare su N periferiche esterne, cascasse il mondo una copia la devi sempre avere.

Controlla questo.. magari hai preso per sbaglio una sorta di rogue che ti ha reso i file nascosti e di sistema..

Vai dentro strumenti > visualizzazione > metti la spunta su Visualizza file e cartelle nascoste, e toglie la spunta su Nascondi file di sistema