ovviamente: uno usa un separatore (la virgola), l'altro un separatore diverso (il punto e virgola). Suppongo che la libreria che stai utilizzando, da cui CVSReader è stata presa, consenta di specificare che separatore utilizzare... se non ritieni fattibile scansionare la prima riga del documento e determinare il possibile separatore, quindi utilizzare quello per il parsing, puoi sempre impostare Excel (in verità si deve impostare l'intero sistema) affinchè venga utilizzata la virgola come delimitatore (la modifica avviene nel pannello di controllo, nelle impostazioni di orario/regione/linguaggio)