intanto dovresti assegnare il risultato della chiamata ad una variabile e controllare prima quella, poi puoi gestire i warning/notice con "@", quindi:


Codice PHP:
function estraiFile_indiciCSV($file){
    
eliminaFileEsistenti($file);
    echo 
" Estrazione dei file \n";
    @
$r=system('..\\script\\bin\\IZArc\\IZArc -ef '.getcwd().'\\temp '.$file$return_var);
    if (
$r===false) {
        
trigger_error(" Errore chiamata\n");
    } else {
      
// i valori seguenti dipendono dall'eseguibile chiamato
      // dubito possa restituire "false":
      // devi controllare i codici di risposta del prg chiamato
      
if($return_var === false){
          
trigger_error(" Errore durante l'estrazione del file .zip \n");
      }else if(
$return_var == 0){
      
//echo "returned var ".$return_var." \n";
          
trigger_error(" Errore durante l'estrazione del file .zip \n");
      }else{
          
//echo "returned var ".$return_var." \n";
          
echo " File estratti con successo \n";
      }
    };