Non so se esista un programma che gia lo faccia...
tuttavia se non erro un file ePub altro non è che una serie di file HTML e XML.
Se sai scrivere due righe di codice si tratta solo di convertire il pdf in HTML (pdftohtml) e creare i suoi XML ad hoc (ed un particolare file .opf che tuttavia alcuni epub non hanno).

Visto che si tratta di soli due passi, sarei sorpreso non vi siano gia script python/perl disponibili a riguardo