Il problema non era tanto per il metodo Abort ma da dove richiamare tale metodo. Premetto che ho una classe che si occupa di una serie di cose tra cui copiare dei file, ed è proprio questa classe che io avvio su Thread separati, ogni Thread un'istanza della classe. Adesso, mi consigli di avviare un Timer all'interno della classe stessa o all'esterno(con un array di timer) o è indifferente.
Poi per la questione della copia dei file, io uso il semplice File.Copy. Nel caso di un file di grosse dimensioni se io richiamo la Thread.Abort il thread viene interrotto solo alla fine della copia del file di grosse dimensioni.
Ciao e grazie