secondo me devi isolare bene il problema... se p.es. pensi sia davvero circoscrivile ad una certa funzione prova a "eliminarla" (virtualmente) richiamandone un'altra che non faccia alcuna operazione particolare solo per prova... se p.es. pensi sia "preg_match" cambiala in "custom_preg_match" e scrivi nel corpo la funzione originale (non dovrebbe cambiare di molto), dopodichè riprova ma mettendo come prima istruzione un "return (...)" (puoi restituire il valore che ti pare: serve solo a "saltare" l'esecuzione interna) e vedi se migliora il tempo