Prima salvi i dati dell'ordine sul tuo DB e lo contrassegni come inattivo. Poi richiami PayPal passandogli i campi dell'ordine appena effettuato.

Nel form di aggancio a Paypal, tra i vari campi che dovrai passare c'è anche un campo per richiamare la pagina in caso di acquisto andato a buon fine.

Se questa pagina viene richiamata, tu imposti l'ordine come pagato e sei apposto.

Questo a livello concettuale.
A livello pratico se guardi la documentazione su PayPal non troverai difficoltà a realizzarlo. PayPal è molto semplice da agganciare.