php viene eseguito prima di javascript, lato server, in quel momento le variabili js non sono ancora state valorizzate(js viene eseguito dal client di solito un browser), è importante capire la differenza tra un linguaggio di scripting server side e uno client side, ti consiglio di studiarti qualche articolo, in rete ne trovi molti, anche qui su html.it c'era\c'è un articolo ben fatto ma non trovo piu il link