Se ho capito bene qual'è il tuo problema, vuoi prendere i punti in posizioni regolari, quindi ad esempio in posizione 0,3,6,9.
Puoi usare l' aritmetica in modulo.Qualcosa mi dice che lo devi fare in Java
Se lo fai con un linguaggio in cui è presente l' operatore modulo, allora puoi:

1)<Calcolare la lunghezza della lista, dividerla per 100 e moltiplicarla per la percentuale, mettere tale valore in N>
2)<Fare un ciclo con l' iteratore che va da N alla lunghezza della lista, e ad ogni passo:
....Selezioni il punto;
....Incrementi l' iteratore di N.

Tutto questo tenendo conto del fatto che N potrebbe non essere un numero intero.

Se la mia rotta è di 915 punti e ne voglio prendere il 10% quindi 91 punti, se ne prendo 1 si e 10 no ne sto prendendo 1/10 ovvero il 10%? Oppure mi sto confondendo?
Ne prendi 1 e ne "scarti" 9 in questo caso.