Nel caso il form avesse name="form1" e i checkbox abbiano il name="chks", con

codice:
document.form1.chks
recuperesti l'array con tutti i valori, anche quelli non checkati però...
la proprieta' checked (chks.checked) è un boolean che ti dice se il checkbox è checkato o no.
Filtri l'array in base a quello e crei la stringa GET solo con i checkbox checkati.