Io ti consiglio di utilizzare SwiftMailer invece di PhpMailer. SM presenta un plugin chiamato AntiFlood studiato (io non l'ho mai usato) per
server SMTP che hanno dei limiti sul numero di messaggi che possono essere inviati durante una singola connessione SMTP.
Per la seconda domanda se non vuoi inviare un messaggio multiplo la soluzione penso sia l'utilizzo dei cicli mettende tutti i destinatari in un array..