quando si parla di tomcat e di server remoti in genere bisogna lavorare avendo chiaro che l'utente tomcat ha accesso a determinate porzioni di sistema operativo, sicuramente temp, sicuramente la web root in cui esegue e tutto termina lì.
Quando bisogna fare in modo che si "scriva" in determinate aree che non sono quelle sopra specificate, ci si siede ad un tavolo con un sistemista e si decide dove andare a scrivere e soprattutto si fa in modo che il sistemista dia i permessi di scrittura su quel path all'utente e all'applicazione.