su un qualsiasi sistema operativo esiste una cartella "temporanea" usata da tutti per i propri mestieri.
Su unix in genere è /tmp, windows non ricordo.
Su quella in genere hai il permesso di scrittura.

Tornando al tuo filezilla, fai conto che quelle cartelle sono della tua home, non so che significato hanno per il provider e non so che permessi tu hai lì, quanto spazio hai e via di seguito. tu puoi scrivere ovviamente su temp, puoi scrivere (spero) su works, non so come devi fare per riferirle da java

Purtroppo per queste cose un minimo di competenze sistemistiche bisogna averle, altrimenti si va a tentoni