Ciao
ho avuto tempo fa lo stessa esigenza, sono andato a rispulciare il codice che avevo creato.
Io ho usato questo codice
codice:
if (markers) {
		  for (i in markers) {
				      markers[i].setMap(null);
				    }
markers.length=0;
}
con questo codice però cancelli tutti i markers presenti sulla mappa.
Quindi dovresti scegliere il marker che è associato alla checkbox ed eliminarlo con markers[i].setMap(null)

(Sinceramente non ho ben capito cosa intendi con il ciclo for all'interno della richiesta ajax. Prendi uno o più marker da quel ciclo?)
Spero ti sia utile ciao