Puoi fare cosi (se ho capito quello che ti serve ):
codice:
    ReadOnly separatori As Char() = New Char() {Chr(10), Chr(13)}

    Private Sub ReadStream()
        Dim s As String = "AT01=Run" & Environment.NewLine & "SW01=22" & Environment.NewLine

        Dim s1() As String = GetArray(s)

    End Sub



    Private Function GetArray(ByVal input As String) As String()
        Dim arrSplit() As String = input.Split(separatori, StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries)

        Return arrSplit

    End Function
identifichi i separatori come carriage return/linefeed Chr(10), Chr(13) e splitti la stringa facendoti ritornare già l'array coi comandi senza bisogno di fare il ciclo sul primo array

Ciao