Non punta su index.php... quella è la pagina ed il punto in cui viene rilevato l'errore. Probabilmente il tuo problema è che $riga['Pagina'] non contiene la pagina da includere (Warning: require_once(__DIR__/template/qui dovrebbe esserci il valore di $riga)).

Prima del require metti

Codice PHP:
var_dump($riga['Pagina']);
require_once __DIR__ . "/template/{$riga['Pagina']}"; 
e vedi cosa ti restituisce.