com è di primo livello
miosito.com è di secondo livello
www.miosito.com è di terzo livello
I domini di primo livello (i TLD, ovvero it, com, org, ...) non li può avere nessuno.
In ogni caso l'indicizzazione su Google dipende dal fatto che il webserver del tuo sito serve alla stessa maniera sia il dominio di secondo livello che il dominio di terzo livello www; probabilmente il crawler ha beccato per prima la versione senza www, per cui ha indicizzato quella.
Se cerchi in giro comunque trovi diverse soluzioni a questo "problema".
