Per la notifica di cui parli basta che controlli che il dominio dove il codice sta girando è quello per cui la licenza è stata registrata. In tutto sincerità non ti consiglio l'approccio email silente perché vorrebbe dire che ad ogni richiesta di una pagina ti arriva un'email di notifica aggiungendo un overhead inutile all'esecuzione del programma, alla tua inbox e ai tuoi nervi dopo 100 email :-)

Quindi direi, controllo del dominio un un file comune e codice offuscato solo in quel file utilizzando zend guard o ioncube. Tieni presente che in entrambi i casi c'è un costo di licenza da parte tua e la necessità da parte del cliente di installare rispettivamente o zend optimizer o ioncube loader.

Alternativamente una soluzione gratuita è la seguente:
http://www.kavoir.com/2009/08/one-si...-php-code.html

Ovviamente non ti salva al 100% ma è un buon punto di partenza