prova così (incollo solo le parti principali, modificate, poi inseriscile nel tuo codice):

codice:
  int a[]={1,0,0,0,0,1};
        int b[]={1,0,1,1};


int c[] = new int[a.length];

        if(a.length>=b.length)
        {
            for (int j=0;j<b.length;j++)
            {
            c[j]=b[j];
           }

         }