Allora ho provato a fare così, mettere un JFrame con setUndecorated(true).
E diciamo che funziona, non posso trascinare la finestra dove voglio io, però riesco ad avere un layout grafico leggermente migliore.

Sarebbe fantastico avere anche il JPanel con sfondo trasparente in quanto l'immagine che vado ad inserire di sfondo non è un rettangolo perfetto ma è una fgorma irregolare ma....