Sì hai ragione ecco l'intero programma modificato:

codice:
#include "stdafx.h"
#include <iostream>
#include <string>
#include <fstream>
#include <stdio.h>

using namespace std;

int calcolaV(string file){
	string riga="";
	int n=0;

	ifstream input(file);
	if(!input){
		cout<<"Il file "<<file<<" non è stato trovato."<<endl;
		return -1;
	}

	while(getline(input,riga)){
		if(riga[0]=='v' && riga[1]==' '){
			n++;
		}
	}
	input.close();

	return n;
}

int main(){
    int a;
	int vertici=calcolaV("G:/Informatica/C++/Prova_mod/Debug/cubo.obj");
	cout<<"Numero vertici: "<<vertici;



	cout<<"\nFine";
	cin>>a;
}
Sui file .obj non conosco molto, ma comunque penso siano di testo in quanto si possono aprire con il blocco note e vedere il loro contenuto.

Solitamente in una riga in cui è presente un vertice, il primo carattere è 'v' e poi ci sono 3 numeri (float) che rappresentano le coordinate dei vertici x, y e z.

Esempio:
v 1.0000000 -1.9987434 0.6665543