se ti va di leggere in c# ti posto una soluzione. non ho capito se ti serve una soluzione "algoritmica" o "pratica". Questa è piu algoritmica ma ha come limitazione quella di dover allocare un array sufficientemente grande per gestire i risultati in quanto gli array puri come ha detto Oregon non si possono dimensonare a runtime.

codice:
private static int[,] Riduci(int[,] originale, int[] indici)
        {
            int[,] ridotto = new int[10, 10]; //uno sufficientemente grande.
            int count = 0;
            for (int i = 0; i < originale.GetLength(0); i++)
                for (int j = 0; j < originale.GetLength(1); j++)
                    if (!indici.Contains(i) && !indici.Contains(j))
                    {
                        int ri = count / (originale.GetLength(1) - indici.GetLength(0));
                        int rj = count % (originale.GetLength(1) - indici.GetLength(0));
                        ridotto[ri, rj] = originale[i, j];
                        count++;
                    }

            return ridotto;
        }
cosi la testi
codice:
int[,] originale = new int[5, 8];
            //inizializzo sequenzialmente
            for (int i = 0; i < originale.GetLength(0); i++)
            {
                for (int j = 0; j < originale.GetLength(1); j++)
                {
                    originale[i, j] = (i * originale.GetLength(1)) + j;
                    Console.Write(originale[i, j] + " - ");
                }
                Console.WriteLine();
            }

            int[] indici = { 0, 2, 4 }; //elenco indici da eliminare
            int[,] ridotto = Riduci(originale, indici);

            //output
            Console.WriteLine("Output matrice ridotta");
            for (int i = 0; i < originale.GetLength(0) - indici.GetLength(0); i++)
            {
                for (int j = 0; j < originale.GetLength(1) - indici.GetLength(0); j++)
                {
                    Console.Write(ridotto[i, j] + " - ");
                }
                Console.WriteLine();
            }