Tuttavia un dubbio mi rimane... ho come la sensazione che ogni volta che devo accendere la macchina mi tocca aprire il cofano e ricollegare tutti i cavi elettrici
Ogni volta che costruisci una nuova macchina, metti insieme tutti i pezzi del motore, magari li hai costruiti nella tua catena di montaggio, testati, ma di certo quando li metti insieme parti da zero (è ovvio), mica fai conto che sulla tua catena tutto funzionava e fuori non devi aggiungere altro!!!

Si tutto funziona finché esegui da eclipse, perché in pratica stai dicendo all'IDE dove trovare tutte le librerie di cui ha bisogno. L'IDE al posto tuo farà i suoi calcoli e ti renderà tutto disponibile. E ti fa comodo, perché hai una catena di montaggio in cui al momento non devi occuparti dei dettagli.
Ma quando hai finito, hai il pezzo del motore, non hai la macchina. La macchina devi costruirla. O assembli a manina, o ti prendi un montatore a cui dici cosa fare e lui lo fa per te. Ecco che entrano in gioco maven e/o ant.

Il war non è solo quello, hai ragione tu che è uno zip, ma è un archivio formato con un certo criterio. Hai da specificare ad esempio il manifest in modo da leggere correttamente il progetto. Hai da specificare il classpath del progetto.
Non so se mi hai capita