grazie mille per l'attenzione.
Allora:

Sono stati toccati solo i file php e html, mentre tutti i js, immagini e pdf non sono stati toccati.
Nel sito ci sono veramente tanti file e sono stati modificati tutti i php/html.

Ancora devo vedere i log perchè (aimè) stò dovendo sistemare tutti i file e mi stà prendendo veramente tanto tempo. Da una prima occhiata ai log non vedo nulla di sospetto, anche se bisognerebbe sapere cosa cercare.

Comunque ricordo che qualche mese fa era successa una cosa analoga, solo che era comparso solo un tag di chiusura head, che sballava tutte le pagine. Al tempo pensai qualcosa andato storto dal lato di altervista (essendo in tutti i file).

Per il momento ho tolto tutte le form per inserire dati, anche quelle di file che non fanno parte di nessun sito ma erano li per prove fatte da me.