Il php è un linguaggio interpretato di conseguenza non puoi integrarlo nell'app perché mancando l'interprete come hai già verificato non funziona.
La webView non è altro che un browser safari e come lui capisce "solo" html e javascript.
Devi appoggiarti ad un web server esterno.

la guida linkata su devapp va benissimo per i certificati, purtroppo sto finendo in questi giorni (salvo complicazioni) la mia prima app che spero di pubblicare quanto prima e non so dirti se per ogni app ci vuole un certificato specifico o no, ma interessa molto anche me questa cosa, se trovo notizie ti aggiorno