Non funziona perché tutti i campi di input hanno lo stesso id, quindi il getElementById ti ritorna il primo che trova (il primo della lista)

Hai due soluzioni;

1)Cambiare l'ID aggiungendoci una desinenza che indica che quello e' il campo di input i-esimo (es. qta_acq[1] qta_acq[2] e cosi' via)

2) usare il getElementsByName('nomecampo')[indice]. Facendo cosi' passa anche al tuo metodo javascript l'indice attuale del ciclo while e usalo come indice del getElementsByName