Ciao, mi vien da pensare che con l'alert di mezzo gli dai piu' tempo per caricare il dom o tutto quanto.
Mettilo nell' onready o onload magari risolvi.
Oppure per curiosità prova a mettere uno stop tipo setTimeout(...) 2 secondi o quel che e' e vedi se va.
Se si probabilmente e' una questione di caricamento