dovresti andare a guardare nel manuale di PHP, tra le funzioni messe a disposizione dalle tue librerie grafiche (GD, Imagemagik o quant'altro). Per esempio GD/GD2 hanno

http://www.php.net/manual/en/function.imagecolorat.php

funzione che consente di recuperare le informazioni di colore di un pixel, data un'immagine e le coordinate x e y del pixel in questione.