Ahem... no... direi che non è quello il problema... post_max_size è impostato a 16M

I dati passati sono per lo più numeri e non credo arrivino a passare 1-2kb di informazioni.
La cosa più strana è che sembra esserci un limite impostato sul numero di elementi dell'array e non sul peso. Mi presenta lo stesso difetto solo nelle maschere con un certo numero di elementi (superiori a 1002 appunto).