ciao,
ho provato il tuo codice e funziona mi restituisce: 00:12:59

l'unica cosa è che sulle prime due righe non hai messo il ; finale...

Prova così:

Codice PHP:
<?php
$data_fine_en 
=  '2012-04-29 22:41:16' ;
$data_inizio_en =  '2012-04-29 22:28:17'
$data_fine_timestamp strtotime($data_fine_en); 
$data_inizio_timestamp strtotime($data_inizio_en); 
$durata_timestamp $data_fine_timestamp-$data_inizio_timestamp
$durata date("H:i:s"$durata_timestamp); 

echo 
'Durata: '$durata;
?>