Ovvero quello che ho scritto:

Utilizzando Visual studio in modalità debug con Internet explorer come browser predefinito, la mia pagina aspx che contiene alcuni file js jQuery li eseguiva in debug e non mi permetteva di visualizzare la variabile sulla quale avevo fissato il punto di interruzione nel code behind.

Cambiando il browser predefinito a chrome, quanto avviene nel debug con IE non succede più, cioè i file js jQuery non vengono eseguiti in debug.

ciao