L'alternativa che utilizzerei, personalmente, per aggiungere un contatore come quello senza modificare tutti gli url è usare un po' di jQuery, qualcosa di simile a (buttato giù in 2 minuti, non testato)

codice:
$("a").on('click', function(e) { 
    e.preventDefault(); 
    var url = $(this).attr("href");

    $.ajax({ url: 'contatore.php?url=' + url });
    document.location = url;
});
non ho considerato il target="_blank" ma penso sia semplice aggiungerlo
Ovviamente se javascript non fosse attivo il contatore non funzionerebbe, ma la pagina si caricherebbe normalmente... ed in ogni caso l'utente non vedrebbe url "strani"