Ok, sembra tutto a posto, a parte il fatto che stai creando l'EntityManager dall'interno di un actionPerformed e, generalmente, non mi sembra il posto più azzeccato in cui farlo.

A questo punto potrebbe essere un problema del MANIFEST (anche se NetBeans, nella sua configurazione standard, lo crea sempre perfetto... quindi può essere che tu abbia toccato qualche configurazione).

Prova a postare il contenuto del file MANIFEST.MF (lo trovi nella directory META-INF del JAR) e l'elenco dei file presenti nella directory "lib".

E, magari, anche il codice del metodo "jButton1ActionPerformed" (che mi fa capire che l'interfaccia grafica la stai disegnando con l'editor visuale di NetBeans... anche qui, stendiamo un velo pietoso).

Ciao.