I cgi vanno posizionati in una determinata cartella all'interno del tuo sito.
Solitamente tale cartella e' nominata "cgi-bin" ma la sua posizione puo' dipendere dalla configurazione del server. E' una cartella particolare che apache gestisce in modo particolare proprio per il contenuto che possiede

Io personalmente sono contento di non doverli usare(almeno per ora) ... comq dai un occhio a questa guida : http://www.cs.tut.fi/~jkorpela/forms/cgic.html#setup