Innanzitutto ti ringrazio per la risposta.
Un JavaDB lo usa già l'applicazione Java come database intermedio per memorizzare alcune informazioni.

Quello di cui avrei bisogno sarebbe solo di un driver (in Linux) che mi permetta di far interagire un database MySql con quest'applicazione.

ps. Prova a dare un occhiata al link, appare l'interfaccia dell'applicazione che mi richiede i dati di connessione al database

http://www.4shared.com/photo/0FhVSBfM/Immagine.html