[JAVA] Trasformare le parole di un file durante la lettura

[rrrobyyy]

perdonami, , adesso ho capito!!!
riscrivo la parte del codice per selezionare le parole:

try {
BufferedReader leer = new BufferedReader(new FileReader(archivo));
while((stringa = leer.readLine())!= null){
StringTokenizer st = new StringTokenizer(s);
while (st.hasMoreTokens()) {
String token=st.nextToken();
// System.out.println(token);
if(token.length()>3){}

grazie per la risposta Kaamos non ho mai usato metodi shuffle adesso faccio una ricerca e ci provo!
però ho più di una parola posso usare il metodo Tokenizer e poi per ogni parola estrattauso il metodo shuffle? e poi come faccio a riinserirle dentro il file.txt nello stesso ordine e con la stessa punteggiatura??
un pò di confusione!