Devi decidere che charset usare ed usarlo ovunque, se usi charset diversi in posti diversi avrai ovviamente problemi.

Ti consiglio di usare UTF8 ovunque, dovresti quindi specificarlo nelle pagine php e html, devi specificarlo subito dopo la connessione al database con la funzione set_charset(), nella collation del db e delle singole tabelle.
Così facendo non dovresti più aver problemi.