eh e' dura .....
molto dura.

Satifal ti ha già fornito la soluzione quando esporti i dati devi farti 1 script che li converta mantendo i "vincoli di unicità" ..... ossia non devono esserci dati replicati, ossia non devono assolutamente esistere due id uguali e se tenti di inserire un record con id 1 e quell'id esiste gia' ... son dolori ... e da errore.

Dovresti inserire i dati rispettando gli auto increment e quindi delegando la generazione dell'id al mysql, e aggiungere una colonna dove tenere traccia del vecchio id per ragione appunto di storico.