Ho capito quindi non si può.

Purtroppo il programma richiede che io crei una cartella java dentro al src e che dentro ci metta i package MA java non deve far parte del package.

Un suggerimento che mi hanno dato è quello di settare src/java come come source folder ma se lo faccio mi crea un'altra cartella source chiamata src/java , è possibile settare src/java come src in due cartelle separate?

Cioè mi spiego, ho la cartella src con dentro la cartella java che fa anche lei da source folder.