e usando delle batch insert e batch update? Ti troveresti a preparare due sole query, lunghe, e poi in un colpo solo le puoi scaricare sul database.
Potresti provare a fare un po' di benchmark con tutte le possibili soluzioni e vedere quale si comporta meglio. Per una lettura sulle batch:

http://docs.oracle.com/javase/1.3/do....1.frame6.html