OK
grazie RoTeam per l'aiuto ho completato lo script

se a qualcuno può interessare ecco lo scrip che ogniuno adatterà a suo piacimento

<?php
function controllo_maiuscola($lettera){
return ($lettera == strtoupper($lettera)) ? true : false;
}
$filename = "ListaSpecie/BIVALVIA/lista-specie.txt";
$file = fopen($filename, "rb");
$contents = fread($file, filesize($filename));

$foo = explode("-", $contents);
for($i=0;$i<=25;$i++){
$foo[$i] = ereg_replace("$", "
", $foo[$i]);
$ext= explode(" ", trim($foo[$i]));
list($uno, $due, $tre ,$quattro) = split(" ", trim($foo[$i]), 4);

$lettera= $tre{0};

if(controllo_maiuscola($lettera))
{echo"$uno-$due.
";}
else{
echo"$uno-$due-$tre.
";
}
}


?>
Non molto ortodosso ma funziona