L'effetto lampeggiante in una JTable non ti è fornito da nessuna funzione predefinita (almeno che io sappia) pertanto lo devi creare tu. Una soluzione semplice è quella di utilizzare una matrice "parallela" di booleani in cui riporti quale cella colorare... Forse uno snippet è più comprensibile di tante parole:

codice:
Object rowData[][] = new Object[nrRow][nrCol];
 
boolean redColoring[][] = new boolean[nrRow][nrCol];
  
String columnNames[] = new String[nrCol];

JTable table = new JTable(rowData, columnNames);
    
    table.setDefaultRenderer(Object.class, new TableCellRenderer() {
    
      @Override
      public Component getTableCellRendererComponent(JTable table, Object value, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column){
        
        JLabel label = new JLabel(value.toString());
        
        label.setOpaque(true);

        if (redColoring[row][column]) {
        
          label.setBackground(Color.RED);
        
        }
               
        return label;
               
        }
    
    });
A questo punto ti gestisci il vettore di booleani, alzando o abbassando l'elemento che vuoi colorare. Solita precauzione: se la tua interfaccia grafica fa anche altre cose sarebbe auspicabile gestire questo flusso in un altro thread per evitare che l'esecuzione continua della getTableCellRendererComponent possa freezarti l'interfaccia.