ti consiglio di imprratichirti un po di piu su queste cose.

Oggi siamo nell'era di jquery che rende tutto piu pulito senza sporcare i tag html per cui non serve avere il body.

per prima cosa nella masterpage metti un riferimento a jquery se ancora non c'è.

secondo: hai questo plugin slideshow a cui ti riferisci nel tuo codice? o hai solo copiaincollato questo snippet da chissa dove? spero tu abbia anche questo file js, metti un riferimento anche a quello sempre nella master page, sotto quello di jquery.

terzo: il tidle (~) lo conosce solo asp.net! javascript viene eseguito sul client. Leva via il tidle e scrivi i percorsi normalmente.

quarto racchiudi tutto lo snippet nell'handler del ready di jquery:

codice:
$(document).ready(function () {
  //lo snippet va qui dentro.
});
quinto: perche non hai fatto come ti avevo consigliato? e cioè cercare su google jquery gallery, jquery slideshow, jquery carousel (come ti ha detto anche Pietro09). Sono molto piu semplici da usare, si scrive molto meno codice e hanno le guide, gli esempi... tutto



P.S.
Invece che in master page lavora nel contentplacheholder della head come ti ha suggerito Pietro09 è meglio