In realtà in batch puoi fare quello che vuoi, ma se non spieghi meglio queste "differenze" di funzionamento, non si potrà dare una risposta precisa.

In pratica se scrivi in un file .bat le due righe che dici di volere eseguire

codice:
cd "C:\Program Files\Activision\Call of Duty 4"
iw3mp +connect 192.168.1.1;password test
non dovresti avere problemi.